本发明公开了一种基于自编码器的电网故障线路判定方法及系统，本发明的方法包括以下步骤：采用IEEE39节点模型仿真实验获取PMU数据；将获取的PMU数据划分为训练集和测试集，并对训练集和测试集进行数据处理；采用经过数据处理之后的训练集对自编码器神经网络进行训练；采用经过数据处理之后的测试集对训练好的自编码器神经网络进行测试，根据训练好的自编码器神经网络输入和输出之间的损失值是否超出阈值实现对故障输电线路的定位。本发明能够有效地利用现有的故障信息数据，解决人工手动排查定位工作量大且效率低下的问题。