本发明公开了一种立体扰动式真空预压地基处理系统，包括有水平排水子系统和竖向排水子系统；水平排水子系统包括有多个水平布置于土壤上的水平排水管、以及第一集水管，多个水平排水管均与第一集水管的首端连通；竖向排水子系统包括有多个水平布置于土壤上的水平连接管、多个顶端连接于对应水平连接管上且插入到地基土壤中的竖向排水管、设置于每个竖向排水管底端上的震动装置、以及第二集水管，多个水平连接管均与第二集水管的首端连通。本发明通过两个子系统将土体浅层和深层的水通过抽真空排出，并设置有震动装置，通过振动对土体产生一定的扰动，土体在扰动的状态下将大大加快土壤中水的排出速度。