本发明公开了一种基于废弃油脂加氢脱氧制备第二代生物柴油的装置及工艺，本发明的工艺过程为：废弃油脂经过高压水解得到脂肪酸，脂肪酸再与加氢催化剂及H2一并通入管式反应器中反应；从管式反应器中排出的未反应氢气经冷凝后，由压缩机一加压为高压氢气，该高压氢气可重新回用于管式反应器内；从管式反应器中排出的反应结束后的反应混合液，通过静置沉淀将反应产物与加氢催化剂分离，分离的加氢催化剂能够重复利用；除去加氢催化剂后的反应产物经过后处理，即得到最终产品。本发明通过加氢脱氧反应制备第二代生物柴油的工艺，具备流程简单，操作简便、使废弃油脂得到了循环利用、氢气消耗量低、不会生成丙烷、催化剂价格便宜等诸多优点。