本申请涉及一种控制显微镜拍摄试样图像的方法，包括，生成控制命令，以控制显微镜的物镜扫描成像区域中的多个成像子区，其中，成像区域为显微镜的物镜对试样进行扫描的区域，多个成像子区是通过将成像区域划分得到的；并控制显微镜的物镜在扫描至多个成像子区中的每个成像子区时，使显微镜的物镜以预设的参考高度为基准相对于试样上下移动，并在上下移动过程中的多个移动位置处对试样在每个成像子区中的部分拍摄多个图像；以及将控制命令发送给显微镜。本申请能够在快速拍摄的同时得到更多的试样信息。此外本申请还提供了一种数字显微镜系统、设备及介质。