本发明公开了一种基于DNA自组装结构对两种循环肿瘤DNA同时检测的方法，属于生物医学技术领域。本发明通过构建DNA六面体纳米结构基底，利用两种ctDNA存在时形成完整的六面体并形成具有催化活性的G‑四链体‑血红素复合结构，催化苯胺聚合反应，在六面体上形成聚苯胺，从而将靶标序列与DNA纳米结构的结合转化为电信号。并且由于碱基互补配对原则，当靶标序列发生突变时不会有电信号的产生，使该传感器特异性增强，能鉴别靶标序列突变，同时检测灵敏度提高。该方法相比于检测ctDNA的传统方法，检测时间短，特异性强，灵敏度高。