本发明公开了一种用于降血脂的亚麻荠籽油微囊及其制备方法。所述微囊包括壁材和芯材，壁材包括原料黄精多糖、酪蛋白酸钠、亚麻荠籽胶和微粉硅胶；芯材包括原料亚麻荠籽油和维生素E。将亚麻荠籽胶、黄精多糖和酪蛋白酸钠加入水中加热溶解，得到壁材溶液；将亚麻荠籽油和维生素E混匀后加入壁材溶液进行高速剪切乳化，得到乳状液；乳状液进行高压均质，得到均质乳液；最后加入微粉硅胶，喷雾干燥得到产品亚麻荠籽油微囊。本发明在壁材中加入具有降血脂功效的药食两用原料黄精多糖，在保证食用安全性的基础上，既满足了微囊化工艺需求，又与芯材中亚麻荠籽油配伍提高了降血脂效果，降低了微囊化粉末服用量。