本发明提供了一种甲醇重整燃料电池进气量控制系统，包括电堆、甲醇重整制氢装置、空气过滤器和控制器；空气过滤器的第一空气出口通过第一风机与电堆的进气口相连，空气过滤器的第二空气出口通过第二风机与甲醇重整制氢装置的进气口相连；甲醇重整制氢装置的氢气出口与电堆的进气口相连；电堆的排气管道上设有第一氧传感器，甲醇重整制氢装置的排气管道上设有第二氧传感器；第一风机、第二风机、第一氧传感器、第二氧传感器均与控制器相连接。本发明能够实现燃料电池各个管道进气量的准确控制，且不会增加进气风机的负担。