本发明涉及一种抑制磁浮列车悬浮系统横向冲击干扰的控制方法和系统，方法包括以下步骤：获取当前时刻的垂向加速度和横向加速度的采样信息；对采样信息进行高速滤波处理得到垂向加速度变化值和横向加速度变化值；判断横向加速度变化值是否大于设定阈值，若是，则中止当前步骤，重新获取采样信息；若否，则将垂向加速度变化值和横向加速度变化值作为变化参量参与悬浮控制算法。与现有技术相比，本发明通过获取列车运行过程中的横向加速度信息，能够有效地分辨和选择出加速度变化是由横向冲击还是电磁铁垂向运动引起的，通过有选择地对垂向加速度变化进行响应，避免由于错误控制引起系统失稳。