本公开提供一种衬底的掺杂方法及半导体器件的制造方法，涉及半导体技术领域。该掺杂方法包括：提供一晶圆，晶圆包括衬底和设于衬底上的第一栅极结构和第二栅极结构，衬底具有浅沟槽隔离区以及浅沟槽隔离区两侧的第一阱区和第二阱区；第一栅极结构覆盖第一阱区的部分区域，第二栅极结构覆盖第二阱区的部分区域。以第一栅极结构和第二栅极结构为掩膜，以第一气体为离子源对第一阱区和第二阱区进行第一次离子注入，以在第一阱区形成第一掺杂区且在第二阱区形成过渡掺杂区。以第二气体为离子源通过掩膜工艺对第二阱区进行第二次离子注入，以使过渡掺杂区的至少部分区域的掺杂类型反转，得到第二掺杂区。