本发明公开了一种多端小电流接地柔性直流系统单极接地故障选线方法，涉及多端柔性直流系统继电保护领域。本发明针对小电流接地方式下的直流配电网单极接地故障选线困难的问题，具体步骤如下：首先读取电压、电流数据，迭代记录256个采样点的电流数据，然后确定了启动判据和选极判断，并根据启动判据判断是否有故障，若是则根据选极判据判断是正极还是负极故障，选定正/负极故障后，再利用小波变换对正负极线路电流波形进行降噪处理，用降噪后的残差绝对值和之比表征正负极线路故障电流的差异大小，与阈值比较，确定故障线路，发出故障信号。本发明避免噪声干扰以及电流幅值变化带来的阈值整定困难问题，提高了选线方案的可靠性。