本发明公开了一种双馈风电机组高电压穿越控制系统及其工作方法，属于风力发电技术领域。双馈风力发电机的转子与变流器的机侧之间连接有Crowbar电路，卸荷电路设在变流器机侧与网侧之间的直流母线上；变流器、Crowbar电路和卸荷电路分别与变流器控制器连接，变流器控制器连接至双馈风电机组的主控系统。通过变流器、变流器控制器、Crowbar电路和卸荷电路，在双馈风电机组发生高电压穿越时能够解决电压升高暂态过程中的出现的过电压、过电流和直流母线电压升高等问题，从而实现高电压穿越期间机组安全稳定不脱网，保证风电机组正常运行发电。该系统设计合理，容易构建，对硬件要求低，保证了系统的稳定性和安全性，具有良好的经济效益。