本申请提供一种机载嵌入式系统的可执行文件可信管理方法，方法包括：当机载嵌入式软件的可执行文件入库时，上位机端生成与所述可执行文件对应的第一信息摘要，根据所有的可执行文件的第一信息摘要生成信息摘要列表；当机载嵌入式软件的可执行文件出库时，上位机端生成与所述可执行文件对应的第二信息摘要，检验所述第一信息摘要和第二信息摘要是否一致；若一致，则上位机端对机载嵌入式软件进行固化信息列表的生成；在目标机端，将固化信息列表和机载嵌入式软件固化到机载嵌入式系统中。