本发明公开了一种自由调节输入功和制冷量的单压缩机三冷头脉冲管制冷机，包括数控交流电源、线性压缩机、压力波传输管路组、电控阀门组、脉冲管制冷机冷头组、冷却水系统、用户端低温循环系统和数据采集与控制系统。本发明的实现为单台压缩机驱动三台脉冲管冷头的大制冷量低温系统提供了变功率运行与调节制冷量的设计应用方案，有效解决常规低温系统制冷量难以跟随用户端设备需求进行相应调整的难题，使得同一系统满足用户不同制冷量的需求，使得大制冷量低温系统具有更便捷的操控、更强的应用场景适应性和更高的能效比，对于低温制冷机在智能电网、先进电力、轨道交通、高效储能、高端通讯等领域的应用具有非常积极的意义。