本发明公开了一种考虑出力不确定度的新能源自动发电控制方法及系统，包括每一轮进行自动发电控制的步骤：根据历史功率数据和功率预测数据计算各新能源电站i的出力不确定度γi；根据出力不确定度γi和本轮区域内需新能源电站调节的ACE功率总值ΔPACE，计算分配给各新能源电站i的AGC指令值ΔPACEi；将各新能源电站i的AGC指令值ΔPACEi下发各新能源电站i执行。本发明用历史预测准确度衡量新能源电站出力不确定度，按新能源电站各出力不确定度，分配ACE功率，削弱新能源发电不确定性对电网的影响。