本发明提供了一种湖北贝母ISSR‑PCR扩增反应体系，每20μL反应体系中含有2×Taq Master Mix 10.5μL，模板DNA 0.8μL，引物2.2μL；将上述反应混合液按如下程序进行扩增：94℃预变性5min，然后94℃变性0.75min，50～60.0℃退火0.75min，延伸1.5min，共40个循环，最后72℃延伸10min，4℃保存。另外，本发明还提供了湖北贝母ISSR‑PCR分子标记方法。该发明所建立的湖北贝母ISSR‑PCR扩增反应体系扩增出的条带清晰度和稳定性高，具有很高的多态性的特点，弥补了现有对湖北贝母遗传多样性研究的不足；而且该湖北贝母ISSR‑PCR分子标记方法操作简单，节约时间和成本，结果稳定可靠，发明的成果对湖北贝母遗传多样性分析、种质资源鉴定及分子育种等方面有较好的应用价值。