本发明公开一种基于微流控检测非酒精性脂肪性肝病患者肠道微生物状态的方法。该方法包括以下步骤：提供微流控核酸检测芯片，在微流控芯片上设置的多个液相小室各自分别包含对于肠道微生物菌群中引物对和探针；提供分离自受试者样品的核酸，并使核酸与多个液相小室内的液相接触；使核酸与液相的混合液反应，然后使用微阵列芯片检测仪检测所述多个液相小室内的核酸信息。本发明的方法具备同时检测多种肠道微生物菌群的优势，并通过微生物菌群状态分析揭示了人体微生物菌群与脂肪性肝病的相关性。此外，该检测方法灵敏度高，菌株之间无交叉反应，特异性好，在肠道微生态检测及临床应用中均有良好的应用前景。