本发明公开了一种可移动式透水桩柱丁坝及其运行方法，该桩柱丁坝包括固定轨道、多个移动轨道、安置在固定轨道和多个移动轨道上的多个可移动式透水桩柱、布置在各可移动式透水桩柱外侧壁上各监测点处的多个压力传感器和流速仪、以及控制平台；控制平台根据来自各压力传感器和各流速仪的监测数据进行分析计算，调整各移动轨道和各移动式透水桩柱的位置，以使各监测点处的水流流速和丁坝压力均小于相应的流速阈值和压力阈值，且使丁坝透水率在设定范围内。本发明适用于各种河流情况，根据水流流速及坝体承受压力的变化，自适应调整丁坝的透水率及丁坝坝体的形态，有效提高丁坝稳定性及生态友好的应用效果。