本发明公开了一种激光加速器自动重频打靶的时间连锁控制系统及方法。本发明将靶体放置在六轴平移台上，在激光器上加装激光两级快门，将六轴平移台、激光两级快门和探测器分别连接至相应的控制器，并将控制器连接至相应的计算机，各个计算机连接至交换机，交换机连接至总控计算机；总控计算机发出控制指令至交换机；交换机将控制指令转换为共享变量传输至相应的各个计算机；各个计算机将共享变量转变为控制动作分别发放给相应的受控设备，实现了对触发信号、激光脉冲、靶场以及多种探测仪器的监控和连锁，从而实现激光自动重频打靶和同步探测；在本发明中，整个控制系统能够以1Hz的频率进行自动化激光打靶和同步束流诊断，整个系统稳定性超过1％。