本发明涉及生物相关领域，尤其是一种生物分子分离器，包括机体以及设置在所述机体内部的破碎腔，所述破碎腔内部设置有破碎装置，所述破碎装置将需要分离的植物破碎，并根据需要分离的物质选择提取液将其混合均匀，所述机体内部设置有位于所述破碎腔右侧的离心腔，所述离心腔内部设置有分离装置，所述机体内部设置有位于所述离心腔下侧的第一传动腔，所述第一传动腔右端壁固定设置有第一固定台，本发明提供的一种生物分子分离器，能够实现自动的对植物中所需成分进行分离作业，对植物的细胞壁进行破碎作业后将其与提取液混合后在经过离心萃取，节省的中间的各种操作，使用起来十分的方便，且自动化程度高，分离效率高。