本发明提供了一种用于显微多光谱成像的荧光显微内镜，包括：沿预设轴线方向设置的C螺纹口、准直镜、分光元件、成像镜和面阵探测器；所述准直镜和所述成像镜分立于所述分光元件的两侧，并且对应于所述分光元件的中心呈左右对称布置，所述C螺纹口位于所述准直镜的左侧，所述面阵探测器位于所述成像镜的右侧。本发明的有益效果是：静态光谱成像仪主机采用C螺纹口，通过C转换接口能够与不同类型显微镜连接，从而实现不同类型的显微光谱成像系统；分光元件置于光谱成像仪主机内部，分光作用受环境光影响小。