本发明提供了一种在役工业场地污染综合管控系统及方法，涉及场地污染综合管控技术领域。该系统包括阻隔防控层、阻隔墙、污染拦截沟、导水门式可渗透反应屏障及污染管控监测井群；阻隔防控层设于工业污染场地的地表，阻隔墙设于工业污染场地的地下水上游边界，污染拦截沟设于工业污染场地内的潜在污染增量装置区的下游边界，导水门式可渗透反应屏障设于工业污染场地的地下水下游边界，监测井群设于整个工业污染场地及防控设施两侧。上述系统能完成在役工业场地的表层阻隔防控、地下水上游阻隔、场地死水区污染孤岛、潜在污染区水力拦截沟与地下水下游可渗透反应屏障的系统防控工程构建，为在役工业场地的土壤与地下水污染综合管控提供保障。