本发明提供一种带有环境控制系统的船用电池集装箱系统及其控制方法，其中系统包括:包括至少一带有环境控制系统的船用电池集装箱，带有环境控制系统的船用电池集装箱包括一集装箱箱体、以及固定于集装箱箱体内的一循环风新风子系统、一冷水子系统、一应急通风子系统和一控制系统；循环风新风子系统、冷水子系统、应急通风子系统连接控制系统；控制系统设置于或部分设置于集装箱箱体内的一储能单元放置区域。本发明的一种带有环境控制系统的船用电池集装箱系统及其控制方法，可以实现电池集装箱在充电、放电、转运、存储各种工况下的电池冷却与内部环境控制功能，提高电池运行的可靠性，延长电池的使用寿命，简化操作，安全性高。