本发明公开了一种高矿化度高碱度的矿井水处理系统及其处理方法。该高矿化度高碱度的矿井水处理系统包括预处理装置、纳滤装置、第一结晶装置、第二结晶装置、氯化钠结晶装置以及杂盐结晶装置；所述预处理装置、所述纳滤装置、所述第一结晶装置、氯化钠结晶装置依次顺序连接，所述第二结晶装置与所述纳滤装置连接，所述第二结晶装置还与所述杂盐结晶装置连接。该高矿化度高碱度的矿井水处理系统能够实现高矿化度高碱度矿井水达标排放或回用、资源化利用率高。