本发明公开了一种水电机组功率调节输入输出优化方法及装置，对功率调节的多输入源采用可靠性指标、多输出控制方式采用稳定性指标，使用动态优化矩阵自动选择最优的输入输出方式，其中测量源输入有交采表、功率变送器和功率采集模件，引入通道状态和测点品质二个参数计算输入方式的可靠性指标，指标越高则表示输入方式的可靠性越高；输出控制方式有脉冲调节、通讯调节和模出调节，引入通道状态、调节时间和调节波动三个参数计算输出方式的稳定性指标，指标越高则表示输出控制方式稳定性越高。本发明动态优化水电机组功率调节的输入输出方式，提高多种测量源输入的可靠性和多种控制调节输出方式的稳定性，提升水电站机组运行的效率。