本发明公开了一种用于变压器差动保护的方法及系统，属于电力系统及其自动化技术领域。本发明方法，包括：获取变压器励磁涌动前期两个周期的二次谐波波形，根据波形确定两个周期的二次谐波的幅值；根据幅值确定二次谐波是由励磁涌动引起，或直流偏磁引起；当二次谐波是由励磁涌动引起时，变压器进行闭锁差动保护；当二次谐波是由直流偏磁引起时，变压器保护不闭锁，区内故障发生时正确动作。本发明能够识别二次谐波产生的原因是因为励磁涌流还是直流偏磁，消除了由变压器直流偏磁产生的二次谐波对变压器差动保护二次谐波制动判据的影响，保证变压器差动保护的正确动作。