本发明涉及双电池控制系统和方法及移动终端，该系统和方法应用于包括第一电池和第二电池的移动终端，该方法包括：步骤S1：分别检测所述第一电池和所述第二电池的电压；步骤S2：判断所述第一电池和所述第二电池的电压差是否在预设范围内，若是，则执行步骤S3，否则，执行步骤S4；步骤S3：由并联后的所述第一电池和所述第二电池为所述移动终端供电；以及步骤S4：判断所述第一电池的电压是否大于所述第二电池的电压，若是，由所述第一电池为所述移动终端供电，并返回步骤S1，否则，由所述第二电池为所述移动终端供电，并返回步骤S1。