一种智能变电站二次设备板卡级异常缺陷诊断定位方法及系统，方法包括以下步骤：步骤1，根据变电站现场实际，在SPCD文件中对二次设备物理模型进行建模，包括对二次设备的板卡插件、物理端口及其关联关系建模；步骤2，基于步骤1的模型，将变电站现场每个二次设备的板卡插件和物理端口对应关联到相应的异常告警MMS信号；步骤3，变电站端采集二次设备上送的MMS信号，在远方工区主站端通过模型解析、报文融合分析，基于步骤2的关联映射，定位出异常的二次设备板卡插件或物理端口；步骤4，进行异常缺陷可视化展示。本发明充分利用各种数据进行融合分析和诊断，异常发生以后自动精准定位，远程在线展示，有效解决板卡级异常告警分析和定位难题。