本发明提供了一种从盐地碱蓬中分离精制多种甜菜红素的方法，包括以下步骤：酸性水溶液浸提72小时后用酸性水溶液洗脱，得到A0；A0通过中压制备液相色谱分离得到B1和B2；B1通过凝胶色谱分离洗脱后得到B1‑C1；B1‑C1通过中压制备液相色谱分离、凝胶色谱分离和高压制备液相色谱纯化得到苋菜红苷；B2通过中压制备液相色谱分离得到B2‑C1和B2‑C2；馏分B2‑C1通过高压制备液相色谱分离得到B2‑C1‑D1和B2‑C1‑D2；B2‑C1‑D1通过凝胶色谱分离和高压制备液相色谱纯化得到甜菜红苷；B2‑C1‑D2通过高压制备液相色谱纯化，得到鸡冠花素II；B2‑C2通过高压制备液相色谱纯化，得到6’‑O‑丙二酰‑鸡冠花素II。通过本发明的技术方案，实现了从盐地碱蓬中分离精制4种甜菜红素，提取过程安全简便，纯度可达94％以上。