本发明涉及瓦楞纸技术领域，具体涉及一种高强耐冲击复合瓦楞纸及其制备方法，包括由上至下依次设置的外面纸层、中间填充层、芯面纸层、波浪状芯层和内面纸层，相邻层之间通过胶粘剂粘合；所述中间填充层包括如下重量份的原料：聚氯乙烯50‑60份、农作物秸秆粉22‑30份、聚苯乙烯树脂16‑24份、乙烯‑醋酸乙烯共聚物8‑14份、无机填料15‑21份、氢氧化铝3‑6份、偶联剂3‑5份，抗氧化剂2‑4份、发泡剂2‑5份、润滑剂2‑4份、超支化环氧树脂6‑9份。本发明通过在复合瓦楞纸中设置中间填充层以及其余各层，能提高瓦楞纸层的抗冲击性和强度，使其具有良好的防震、缓冲性能，有助于对所包装物体实现良好的保护。