本发明公开了一种基于超导回旋加速器的中子俘获治疗系统，包括质子产生系统、质子束输运系统、中子发生器和治疗床；治疗床的一侧设置有中子发生器，中子发生器通过质子束输运系统与质子产生系统连接；中子发生器中的反射体可将逸出中子反射回慢化体，使超热中子在出口部位的注量率最大化；热中子吸收层和尾部的γ屏蔽层可以减少患者在治疗过程中受到热中子和γ的影响，减少对健康组织产生的损害；准直器为锥形孔状，可对出口中子束进行整形，控制中子束的尺寸，形状，并吸收一部分方向异常的中子，最终在出口处获得治疗所需中子束，并通过笔形扫描束等设备照向治疗床上的患者。