本发明涉及一种智能变电站一次系统与二次系统的联合仿真方法及系统，其特征在于，包括以下内容：1)采用电力系统仿真软件和通信系统仿真软件，对应构建智能变电站的一次系统仿真模型和二次系统仿真模型；2)运行电力系统仿真软件，实时采集智能变电站一次系统的模拟量信息和开关量信息；3)电力系统仿真软件生成对应的一次系统仿真输出文件；4)运行通信系统仿真软件，导入一次系统仿真输出文件，通过特定的智能电子设备生成报文并发送至保护控制单元；5)保护控制单元根据一次系统仿真模型中预先设置的故障次数，对接收的报文进行解析得到模拟量信息和开关量信息，确定一次系统的实际故障切除时间，本发明可广泛用于智能变电站领域中。