本发明涉及水泥防腐涂料领域，具体涉及一种超疏水微胶囊聚合物水泥基防腐涂料及其制备方法与应用。以重量份计，所述涂料的原料包括如下组分：65-85份水泥，65-70份石英砂，0.5-1.0份增强剂，0.17-0.32份缓凝剂，45-55份乳液，15-18份水，1.1-1.8份成膜助剂，0.47-1.4份光稳定剂，0.2-0.6份防腐剂，0.05-0.3份疏水改性氧化石墨烯，6-8份水性微胶囊乳液、且该水性微胶囊乳液是以疏水材料为核、以SiO2凝胶为壳层形成的核壳结构。本发明的这种防腐涂料避免了对水泥水化硬化过程以及聚合物成膜过程中的不利影响，而且有效解决了疏水剂与乳液和水泥的相容性问题。