本发明公开一种防御中继攻击的方法及系统，涉及通信安全领域。所述终端包括第一接收模块、设置模块、第一发送模块、生成记录模块、解析记录确定模块、验证确定更新模块、验证更新组织模块和验签模块；所述卡片包括第二接收模块、设置获取模块、第二发送模块、确定更新组织模块和确定检查签名模块；所述方法及系统通过定义新的交互防御数据指令结合终端计数数据和卡片计数数据，限制终端和卡片之间通信指令与通信响应的时间来防止中继攻击，增加终端和卡片之间数据通信的安全性。