本发明公开了一种利用自养型细菌处理含砷废水或砷污染土壤的方法。该方法主要借助嗜酸氧化亚铁硫杆菌的生物矿化作用成矿除砷，利用嗜酸氧化亚铁硫杆菌将废水和土壤中的Fe(II)氧化为Fe(III)，在形成施氏矿物过程中，将As(III)和As(V)固定，可实现水体及土壤中砷的去除与稳定化。该方法步骤简单，时间短，效率高；反应条件温和，过程可控，经济可行；应用范围较广，可处理污染水体和土壤中的As(III)和As(V)；并且除砷效率高，处理后的砷稳定性强，无二次污染。