本发明公开了一种基于熔融石英荧光信号的光存储方法及系统，包括以下步骤：S1、将需要存储的数据分成两部分；S2、将第一光束聚焦到熔融石英的加工区域，通过控制第一光束的光强与作用时间，在熔融石英内部得到相应大小的孔洞，实现第一部分数据的写入，并在加工区域产生荧光信号；S3、将第二光束聚焦到熔融石英的相同加工区域上，对荧光信号的强度进行调控，实现第二部分数据的写入，从而完成数据的存储。本发明采用加工结构的光学散射信号与荧光信号分别存储数据，拓展了光存储的存储维度，在相同大小的熔融石英上，可以存储更多的数据，大大提高了存储容量，存储密度较高。