本发明涉及一种变流器投入控制方法及控制系统，包括：对当前的各并联变流器采用下垂控制，并采用角频率二次调节进行补偿控制；当新增变流器投入时，对新增变流器采用下垂控制，并向公共并网点PCC注入周期性小信号功率扰动；各并联变流器检测到所述周期性小信号功率扰动，则退出角频率二次调节；新增变流器运行至稳态工作点后，停止注入周期性小信号功率扰动，并加入角频率二次调节；各并联变流器检测到周期性小信号功率扰动消失，加入角频率二次调节。该方法解决了采用无互联线角频率二次调节控制方案中变流器投入控制盲区问题，保证了新增变流器投入时，能够重新均分功率。可应用于分布式发电、储能、微电网等领域，实现变流器集群离网供电运行。