本发明公开了一种基于层次图卷积神经网络的癫痫脑电识别系统、终端及存储介质。包括脑电信号采集模块，脑电信号预处理模块，癫痫状态标注模块，脑电时频分析模块，层次图卷积神经网络训练模块和癫痫状态识别模块；通过脑电信号采集模块获取脑电波信号；脑电信号预处理模块和癫痫状态标注模块对采集信号做标准化处理和标注；脑电时频分析模块从时域和频域对采集信号进行分析并提取特征；层次图卷积神经网络训练模块和癫痫状态识别模块基于层次图卷积神经网络，依据电极间的物理位置关系，提取出区域化的特征信息，得到识别结果；本发明利用了采集系统的图结构信息，使模型达到了可以临床应用的精度，可以长时间自动化工作，节省了大量人力成本。