本发明涉及一种三绕组高频降压变压器的绕组间距离确定方法及系统。该方法包括：获取高压绕组与铁心内柱间的距离；确定高压绕组与中压绕组间的距离；确定中压绕组区域漏磁能量；确定中压绕组和低压绕组间的距离；确定低压绕组与铁心内柱之间的距离；判断低压绕组与铁心内柱之间的距离与距离设计值的差值是否小于设定阈值；若是，将高压绕组与中压绕组之间的距离确定为高压绕组与中压绕组之间的最终距离，将中压绕组和低压绕组之间的距离确定为中压绕组和低压绕组之间的最终距离；若否，更新高压绕组与铁心内柱之间的距离，重新计算低压绕组与铁心内柱之间的距离。本发明可以适用于三绕组高频降压变压器，指导工程中三绕组高频降压变压器的设计。