本发明公开了一种复合改性水泥稳定再生骨料基层混合料及其制备方法，属于道路工程材料技术领域，制备方法包括以下步骤：S1：先将再生骨料维持在‑0.02～‑0.18MPa的压强下，密封0.5‑1.5min，然后通入CO2气体，使得压强维持在0.3‑0.5MPa，反应22‑26h，得到CO2强化的再生骨料；S2：然后用嗜碱芽孢杆菌矿化液、硅酸钠溶液、硅氧烷乳液对CO2强化的再生骨料浸泡22‑26h，得到改性再生骨料；S3：将水泥与秸秆纤维混合，搅拌30‑60s，然后加入改性再生骨料、水、水玻璃溶液、明胶粉、蛋白酶混合，搅拌60‑90s，得到混合料；达到了循环再利用建筑垃圾，同时提高混合料的力学性能的效果。