本发明涉及一种立式微生物检测芯片的制备方法，通过区别化的掩模涉及，从而在各片层上形成贯通和/或非贯通的微通道结构；然后将个片层材料组合，得的位于单独片层上的输水通道和用于容纳微液滴的容纳腔，或由多个片层组合而成的组合输送通道和组合容纳腔，本发明所制备的芯片还具有能够诱导微液滴进入容纳腔的侧流通道，所述侧流通道可以具有与容纳腔相同的深度，或仅被设在中间层，从而具有小于容纳腔的深度，通过将中间层的微通道结构设在为具有相比于其他片层的微通道结构更强的亲水特性，从而允许使用缩小的侧流通道截面积实现同等的侧向流强度。