本发明公开了一种核脉冲信号处理方法及系统，首先探测器将射线转换为信号后经过模拟放大；将放大后的信号转换成数字信号；将数字信号输入FPGA中经过R-C逆变换消除信号上升沿，然后经过C-R逆变换得到原始信号，将原始信号进行积分、抽样后形成梯形模型以实时产生梯形脉冲信号。本发明采用C-R逆系统、R-C逆系统重新构建了适合于FPGA运算的数字梯形成形递推公式，未引入浮点运算，计算速度更快。并且通过R-C逆系统生成了只有2-4个采样点的高信噪比的快信号处理递推公式。因此极大的提高了测量系统的脉冲通过率。与直接采用快成形相比，需要的采样点更少，并且对于微弱信号的分辨能力更强。