本发明提出了一种差异化鸟害风险等级评判方法，包括首先沿输电线路走向，按照固定长度分段划分防护区段；结合历史鸟害情况以及对防护区段进行线路巡视，针对在防护区段内发现鸟类或者鸟类种群的数量标记鸟类活动日；最后根据鸟害故障类型或者近若干年来鸟害故障类型出现的次数判断鸟类对电网的威胁程度；根据防护区段内鸟类的活动情况或者防护区段内的植被情况，确定鸟类活动频次，进而计算鸟害风险值以及对风险进行评级。本发明还提出了一种差异化鸟害风险等级评判系统。本发明首先划分防护区域，结合历史鸟害情况，计算风险等级，为防鸟措施的治理和整改提供了依据，为输电线路防鸟提供科学化的管理。