本发明公开了一种水下深埋式构造物的施工方法，工艺流程如下：步骤1，根据项目地勘资料选取该水域内能达到的适合的水下开挖设备；步骤2，对水下地形进行复测，根据设计图纸和地质水文资料设计适合的水下开挖方式及开挖放坡形式；步骤3，进行水上测量放样，在开挖设备上安装开挖监测设备；步骤4，进行水下分级开挖，开挖完成后进行施工必要的辅助施工平台施工；步骤5，施工下沉围堰，并着床调位到设计姿态；步骤6，浇筑围堰夹壁混凝土及封底混凝土，完成围堰施工；步骤7，抽水进行水下构造物干施工。本发明采取先水下开挖再施工围水辅助结构，进而确保构造物的干施工环境，能够快速、高效、安全、高质量的解决复杂地质河床下深埋式构造物的水下施工问题。