本发明涉及工程建设中基坑支护的技术领域，具体涉及下穿管道的公路隧道基坑的隔离支护结构及施工方法，所述管道对应的基坑区域为中断区，隔离支护结构包括一对地下连续墙，且一对地下连续墙分别在中断区断开；中断区的基坑内对应着每根管道均设有混凝土支撑，且混凝土支撑平行于管道布置；一对地下连续墙之间布设有一对分隔墙，将基坑分为隔离作业区和外部作业区，中断区的基坑侧壁布设有MJS重力式挡墙，沿着隔离作业区对应的一对连续墙外侧壁均布设有灌注桩墙；隔离作业区的基坑底部水平布设有MJS坑底加固墙；外部作业区的基坑底部设有旋喷坑底加固墙。本发明解决下穿管道、上穿地铁隧道的公路隧道基坑的隔离支护问题，保障基坑开挖的顺利进行。