本发明提供一种包装印刷用彩色高亮高透抗菌聚酯薄膜及其制备方法，为ABA型结构，包括芯层，芯层的上下两侧设有功能层，所述功能层采用以下重量配比的原料制备：60％‑75％光学级PET聚酯粒子，1％‑3％抗菌剂，20％‑39％开口剂。本发明的抗菌聚酯薄膜为ABA型结构，由三层共挤工艺通过熔融挤出、铸片、纵拉、横拉、收卷、分切等工序制备得到。该薄膜通过功能优化，在具备普通包装薄膜的基础上，提供更加优异的性能，透光率大于89％，雾度小于1.02％，光泽度在115以上，而且抗菌效果优异，薄膜表面平整，厚度均匀，样品整体厚度在20‑50μm。