本发明公开了一种水生生物驱赶系统及方法。该系统包括：水生生物驱赶系统包括水生生物识别模块、水生生物驱赶控制器、电源调制器、频率发生器和频率振动端子；水生生物驱赶控制器根据水生生物识别模块识别出的水生生物确定水生生物驱赶频率；电源调制器接收水生生物驱赶控制器输出的水生生物驱赶频率，并将电源电压调制成频率发生器所需电压；频率发生器接收水生生物驱赶频率，并将水生生物驱赶频率输出至频率振动端子；频率振动端子根据水生生物驱赶频率振动，从而驱赶水生生物。采用本发明的方法及系统，能够提高驱赶效率，方便检测、维护方便。