本发明公开了一种连续进样层析装置及其进样控制方法，包括多组层析组件、至少一个柱前多通阀、至少一个柱后多通阀，每组层析组件包括一个层析柱、设置在层析柱前端的柱前柱选择阀及设置在层析柱后端的柱后柱选择阀，所述柱前柱选择阀和柱后柱选择阀分别具有多个与所述层析柱连通的通道口，不同的层析组件中的柱前柱选择阀与柱后柱选择阀错峰连接，包括：一组层析组件中的柱前柱选择阀的一个柱前通道口与另一组层析组件中的柱后柱选择阀的一个柱后通道口连接。本发明提供的装置可任意选择层析柱的串联排列顺序，能同时实现各层析柱的单向冲洗和逆向冲洗，控制逻辑关系较简单，稳定性高不易出错。