本发明公开了一种自动化码头桥吊安全作业系统及其控制方法，系统包括码头操作管理系统、远程操作标定模块、船舶装卸变化量计算模块、潮汐变化量计算模块、船舶高度变化量计算模块和报警模块；本系统设置一个安全容忍范围，实时根据船舶装卸情况和潮汐涨落情况计算船舶的高度变化量，将船舶高度变化量与安全容忍范围进行比较，在船舶高度变化量超出安全容忍范围时，提示远程操作人员重新标定安全作业高度，避免桥吊作业过程中因为对船舶高度变化判断的不及时而引起安全事故发生，同时，能够将桥吊吊具的作业高度控制在合理范围内，避免吊具过高导致作业效率降低的问题发生。