本发明提供了一种聚酯薄膜成型后自动化加工系统及加工工艺，包括冲压机构、滑台升降机构和整列机构，所述的滑台升降机构上安装有冲压机构，位于所述冲压机构的左右两侧位置分别安装有整列机构，所述的整列机构和冲压机构位于滑台升降机构的正上方；本发明可以解决在将聚酯薄膜使用到机械机构中，要事先对聚酯薄膜进行打预装孔才能进行安装，现有的处理方法是通过人工利用工具将聚酯薄膜分次打预装孔，这种方法纯粹依靠人力，工作效率低、切割孔的表面质量差，劳动强度高，并且不能同时多个预装孔进行打孔作业，难以保证预装孔的定位质量。