本发明公开一种颅底卵圆孔自动定位及引导系统，包括穿刺针、持针器、伺服装置、标定装置、空间定位子系统和计算机，计算机获取薄层CT扫描得到的患者头部数据，将患者头部数据导入到三维重建软件中，建立头颈部骨骼以及皮肤的三维立体模型，分别定位出卵圆孔和最优穿刺点在三维立体模型中的位置以及确定穿刺针的穿刺方向的方向向量，并建立模拟针道的方向模型，根据方向模型测量得到穿刺针的穿刺深度，伺服装置和空间定位装置分别与计算机连接，伺服装置根据计算机生成的伺服信号通过持针器实时控制穿刺针的方向和位移。本发明能够自动定位出卵圆孔和最优穿刺点的位置，并自动规划出穿刺路径，保证了手术的精准性，降低了并发症的风险。